補足：以下に記述した対応を現在は保留し、対応変更している(詳細)。
「著作権法の一部を改正する法律」というものが来年1月1日より施行されるということだ(参考：文化庁)。
リンク先のPDF著作権法の一部を改正する法律 概要を見ると、2.違法な著作物の流通抑止として、
違法なインターネット配信による音楽・映像を違法と知りながら複製することを私的使用目的でも権利侵害とする（罰則なし）
とあり、ダウンロードが違法になる対象としては、違法に配信されているコンテンツに限られるように読める。
一方で、同ページ下部のQ&Aでは、
問10 「YouTube」などの動画投稿サイトの閲覧についても，その際にキャッシュが作成されるため，違法になるのですか。(第30条1項3号)
答 [前略]キャッシュをキャッシュフォルダ（記憶装置上でキャッシュが作成・格納される領域）から取り出して別のソフトウェアにより視聴したり，別の記録媒体に保存したりするような場合については，この例外規定は適用されず，著作権が及ぶものと考えられます。（第49条）
とあり、違法でないYouTubeなどの動画投稿サイトに登録されているコンテンツのダウンロードもNGである可能性があることが述べられている。
NicoBrowser及びさきゅばす拡張については、上記に関わる機能を有しているため、何らかの対応をとろうと考えた。ただし、こういったつまらないことに手間をとるのも勿体無いので、当面以下の対応とする。
NicoBrowserの対応について
NicoBrowserが現在有している主機能は、まさに上記の問いに該当するものであるため、現状のバイナリ＋ソースの配布を止め、ソースのみの配布とする。NicoBrowserはコンパイル言語(Java)で開発しているため、このソフトウェアでダウンロード機能を実行するためには、ユーザが能動的にコンパイルを行う必要があるため、違法の可能性があると知らずに実行してしまう状況は回避できるだろう。
さきゅばす拡張について
さきゅばすはダウンロード機能が主機能ではない。GUI設定画面から「ダウンロードする」という設定を外すことにする。これで誤って違法の可能性がある操作を行ってしまうことはなくなるだろう。
追記：
上記の文化庁Q&Aにおいては、対象ファイルが著作権侵害しているものである、という前提がある(が明示されていない)のかもしれない。津田大介さんがにちゃんねるのスレで回答したというものの中にこういう発言があった[日日俺酔狂 - ダウンロード違法化がほぼ決まったけど何か質問ある？ レス番号15への回答より]。
[前略]法改正後もYouTube見るのは問題ない。ただし、ツール使って「そのファイルが違法にあげられてると知った状態で」ダウンロードしたら違法になる（でも刑事罰はないから逮捕はされない）。ややこしいね。
とするならば、YouTubeやニコニコ動画サービスにおいては、それぞれのサービス提供者が適切な著作権管理を行っている(という前提がある)はずなので、ユーザは意識する必要は全く無いのだろう(ユーザは常に情を知っていない状態である)。
追記2:
INTERNET Watchの「ダウンロード違法化、どこまで合法？ 福井弁護士に聞く」という記事にも関連する記載があった。
Q8：専用ツールを使ってYouTubeやニコニコ動画から動画をダウンロードするのは違法？
A8：「違法にアップロードされたものである」と知った上でダウンロードした場合は、違法と見なされる可能性が高いでしょう。
Q9：YouTubeやニコニコ動画で提供されている権利者の動画と違法動画の見分けが付かなかったというユーザーはどのように扱われる？
A9：そのようなユーザーはおそらく責任を問われません。
解説：改正著作権法第30条には、「その事実を知りながら行う場合」という文言が記載されていますが、これは、違法コンテンツであることを知らずにうっかりダウンロードしたとしても、違法ではないということを意味します。ただし、Q8のような専用ツールを使ってダウンロードを行う場合、YouTubeなどの利用規約の違反にあたる恐れはあります。
また、本エントリ冒頭に記載した文化庁のサイトを読み直してみたのだが、問9に「違法なインターネット配信から音楽・映像を複製する行為については，私的使用目的の複製に関する著作権の例外規定の適用対象範囲から除外し」という文面があり、やはり、今回の法改正で私的利用でないとみなされるされるようになったのは、違法アップロードされたコンテンツに対してのみのようだ。
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